微生物型移动厕所虽在环保性上表现卓越，但在实际应用中仍存在一些缺点和局限性，具体如下：
微生物型移动厕所需要配备专业的微生物处理设备，包括发酵槽、搅拌装置、温控装置等，这些设备的初期投资成本较高。此外，为了维持微生物的活性，还需要定期添加微生物菌种，这也增加了运营成本。因此，相比传统厕所或其他类型的移动厕所，微生物型移动厕所的成本更高。
微生物型移动厕所的处理能力有限，每日使用人数受到一定限制。在人流密集的场所，如大型活动现场或旅游景区，可能需要配置多个微生物型移动厕所以满足需求。否则，可能会出现厕所使用紧张或等待时间过长的情况。
微生物型移动厕所需要定期更换微生物菌种，以确保处理效果。菌种的更换频率和成本取决于厕所的使用情况和菌种的种类。此外，微生物处理设备也需要定期维护和保养，以确保其正常运行。这些维护工作需要专业人员进行操作，增加了管理难度和成本。
微生物型移动厕所的处理效果受环境温度、湿度等条件影响较大。在极端天气条件下，如高温或低温环境，微生物的活性可能会降低，从而影响处理效果。因此，在寒冷地区或炎热地区使用微生物型移动厕所时，需要采取额外的保温或降温措施，以确保微生物的正常活动。
微生物型移动厕所的处理技术相对复杂，需要专业的技术人员进行操作和维护。在农村地区或偏远地区，可能缺乏专业的技术人员，导致维护成本高、效率低。此外，微生物型移动厕所的系统设计也较为复杂，需要考虑到多种因素，如菌种的选择、设备的配置、环境的适应性等。
